主管國稅機關對比對結果為相符的增值稅抵扣憑證可允許其申報抵扣，對比對結果異常的增值稅抵扣憑證應進行審核檢查。審核檢查結果為第一類技術性錯誤原因造成比對異常的，經過技術處理后允許其申報抵扣。比對異常的其他抵扣憑證，必須先進行審核檢查，再依有關規定分別進行處理。審核檢查結果為第一類技術性錯誤原因造成的比對異常的，經過技術處理后允許其抵扣。

　　為了強化對增值稅專用發票和其他抵扣憑證的管理，2004年9月20日總局下對增值稅抵扣憑證審核檢查的有關問題予以明確。在明確相關問題之后，當然要解決增值稅抵扣憑證異常存在的問題，因此，小編針對異常憑證給出了一些處理方法，希望大家能對于增值稅抵扣憑證有一個正確的認識。

　　1、走逃（失聯）企業的異常憑證

　　2、稅收風險分析評估中發現的異常憑證

　　3、發票開具和納稅申報數據監控發現的異常憑證

　　4、非正常戶的失控發票

　　5、稽核比對結果的異常抵扣憑證

　　1、對輔導期新辦商貿企業一般納稅人按照國稅發明電〔2004〕37號文件的規定實行“先比對后抵扣”。主管國稅機關對比對結果為“相符”的增值稅抵扣憑證可允許其申報抵扣，對比對結果異常的增值稅抵扣憑證應進行審核檢查。審核檢查結果為第一類技術性錯誤原因造成比對異常的，經過技術處理后允許其申報抵扣；審核檢查結果為第二類問題的，不允許其申報抵扣，由管理部門依有關規定進行處理；審核檢查結果為第三類問題的，不允許申報抵扣，移交稽查部門立案查處。

　　2、對新辦商貿企業以外的一般納稅人比對異常的增值稅專用發票按現行規定處理；比對異常的其他抵扣憑證，必須先進行審核檢查，再依有關規定分別進行處理。審核檢查結果為第一類技術性錯誤原因造成的比對異常的，經過技術處理后允許其抵扣；審核檢查結果為第二類問題的，管理部門再依有關規定分別進行補稅、加收滯納金、罰款；審核檢查結果為第三類問題的，移交稽查部門立案查處。

　　1、抵扣方主管國稅機關的審核檢查

　　對比對“不符”、“缺聯”、“屬于作廢”的增值稅專用發票和比對“不符”、“缺聯”和“重號”的其他抵扣憑證，由抵扣方主管國稅機關管理部門進行審核檢查。

　　（1）如果經抵扣方主管國稅機關審核檢查，即可查明“不符”、“缺聯”、“屬于作廢”、“重號”原因，而不需再由開票方主管稅務機關（海關代征進口增值稅專用繳款書為海關代征進口增值稅專用繳款書入庫地國稅機關所屬計統部門）繼續審核檢查的，按照國稅發〔2004〕119號文件規定的不同情況依有關規定分別進行處理。

　　（2）如果屬于抵扣聯采集錄入等技術性錯誤的其他抵扣憑證，進行修改后經人工比對兩聯相符，將“比對相符”的信息匯總上報；進行修改后經人工比對兩聯仍不符的，將修改后的信息交開票方主管稅務機關管理部門繼續審核檢查。

　　（3）如果需由開票方主管稅務機關繼續審核檢查的，交由開票方主管稅務機關管理部門繼續審核檢查。

　　2、開票方主管稅務機關管理部門對抵扣方主管國稅機關轉來信息的審核檢查

　　（1）如果不屬于存根聯（包括海關代征進口增值稅專用繳款書第五聯，下同）采集錄入等技術性錯誤，將結果反饋抵扣方主管國稅機關。

　　（2）如果屬于存根聯采集錄入等技術性錯誤的其他抵扣憑證，進行修改后經人工比對兩聯相符的，或進行修改后兩聯仍不符的，將信息反饋抵扣方主管國稅機關；如果屬于誤操作等原因的增值稅專用發票，將信息反饋抵扣方主管國稅機關。稅務機關誤操作的還應出具書面證明。

　　（3）對由于開票方原因造成比對異常的，由開票方主管稅務機關管理部門按照國稅發〔2004〕119號文件規定的不同情況依有關規定分別進行處理。

　　3、抵扣方主管國稅機關對開票方主管稅務機關已經審核檢查的增值稅抵扣憑證，根據其返回的審核檢查結果確定比對異常原因，按照不同情況依有關規定分別進行處理。在排除稅務機關技術、誤操作等原因造成的稽核比對異常發票后，如需進一步檢查的，由抵扣方主管國稅機關稽查部門繼續檢查。

　　以上就是當納稅人出現增值稅抵扣憑證異常的時候稅務機關的處理方法，不知道大家看完有沒有明白，總之就上述而言，納稅人是否允許申報抵扣是要視情況而定的，需稅務機關審查，如果出現不符合情況的異常憑證是會受到懲罰的，因此各納稅人在這一方面還需注意，如果對于此問題你還有不清楚的地方可聯系本站客服進行咨詢。

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